Ole Jørgen var den første ansatte i NORSUS, den gangen det var Østfoldforskning. Han har vært instituttleder for Forebyggende miljøvern (1988-93), stipendiat og leder for LCA-teamet (1993-95), direktør (1995-97), seniorforsker og forskningsleder, før han igjen ble engasjert som direktør fra desember 2005 til oktober 2009. Nå er han seniorforsker og senterleder for NorEnviro.

Fra 1997-2004 var han ansatt som professor II i Industriell Økologi og Miljøriktig design ved NTNU, og var medlem i komiteen for Strategisk Forskning på Bærekraftig energi og miljø i Danmarks Innovationsfond fra 2009-2014.

Ole Jørgen har vært ansatt i et deltidsprofessorat i Fornybar Energi på Institutt for Naturforvaltning på NMBU, Ås, fra 2010, og som fra 2015 er delvis finansiert via et femårig program for kompetanseløft i avfallssektoren (REDu).